L’ASF réalise ses tâches en association avec ses trois départements : la Swiss Football League (SFL), la Première Ligue (PL) et la Ligue Amateur (LA). Chacune de ces trois divisions possède sa propre personnalité juridique et ses propres organes, mis en place par elles-mêmes.  Les clubs appartiennent au département dans lequel leur première équipe joue en championnat, conformément au règlement des compétitions. Les clubs de la SFL appartiennent au football non-amateur. Les clubs de la PL et de la LA font partie du football amateur. Au niveau du football amateur, l’ASF se divise en 13 associations régionales.

Les équipes de la principauté du Liechtenstein jouent pour le compte de la Ostschweizer Fussballverband. Le seul club allemand rattaché l’ASF, le FC Büsingen, joue au sein de la Fussballverband Region Zürich.