L’ASF svolge i suoi compiti insieme alle tre divisioni: Swiss Football League (SFL), Prima Lega (PL) e la Lega Amatori (LA). Le tre divisioni dell’ASF hanno la propria personalità giuridica e i propri organi, nominati autonomamente. I club appartengono alla divisione in cui e con cui competono nel campionato con la loro prima squadra in conformità con i regolamenti della competizione. I club della SFL appartengono al calcio non amatoriale. I club di PL e LA fanno parte del calcio amatoriale. A livello di calcio amatoriale, l’ASF è divisa in 13 associazioni regionali.

Le squadre del Principato del Liechtenstein giocano nell’Associazione calcistica della Svizzera orientale. L’unico club tedesco della Federazione Svizzera di Calcio, il FC Büsingen, gioca nell’Associazione calcistica della Regione di Zurigo (FVRZ).