Der SFV nimmt seine Aufgaben zusammen mit den drei Abteilungen Swiss Football League (SFL), Erste Liga (EL) und Amateur Liga (AL) wahr. Die drei Abteilungen des SFV besitzen eigene Rechtspersönlichkeit und eigene, von ihnen selbst eingesetzte Organe. Die Klubs gehören jener Abteilung an, in und mit der sie gemäss Wettspielreglement mit ihrer 1. Mannschaft die Meisterschaft bestreiten. Die Klubs der SFL gehören dem Nicht-Amateurfussball an. Die Klubs der EL und AL sind Teil des Amateurfussballs. Auf der Stufe des Amateurfussballs gliedert sich der SFV in 13 Regionalverbände.

Die Mannschaften des Fürstentums Liechtenstein spielen im Ostschweizer Fussballverband. Der einzige deutsche Klub im Schweizerischen Fussballverband, der FC Büsingen, spielt im Fussballverband Region Zürich.